康囊寺於西元1270年在青海玉樹藏族自治州稱多縣康囊地區建立,至今已有800多年的歷史,572年前的康囊寺受當地宗教思想的影響沒有明確自己的派系,西元1779年第六十班禪大師受乾隆皇帝禦請去漢地傳法,在他路過康囊寺時,受寺院僧侶和當地信徒的要求,將康囊寺的教派明確爲格魯派,並留下一尊金剛座的釋迦穆尼佛像,這尊佛像現供奉在康囊寺的大殿裏。
西元1870年康囊寺遷址至現址,至今有137年的歷史,在100多年前康囊勇智活佛做方丈時康囊寺已是一個正規的大寺廟,當時康囊寺共有500多個出家人,僧侶們修行密法也修行顯宗,1958年開始的文化大革命期間,寺廟遭受了很大的損失,直至1981年國家同意寺廟開放,康囊寺才進行系列的修建及調整,又逐漸發展成現代化的顯密雙修的大寺院。